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Howto MongoDB

CETTE DOCUMENTATION EST EN COURS DE RÉVISION....

Documentation (4.2) : https://docs.mongodb.com/manual/
Référence de configuration (4.2) : https://docs.mongodb.com/manual/reference/configuration-options/

MongoDB est un système de base de données de type NoSQL, orienté dans la gestion de documents.

Installation

Debian Buster

A partir de Debian 10 (Buster), MongoDB n'est plus distribué dans les dépôts de Debian. Il est néanmoins possible d'installé MongoDB 4.2 à partir des dépôts officiels du logiciel

Note: MongoDB ne supporte Debian Buster que depuis sa version 4.2.1, pour utiliser une ancienne version de MongoDB, il est préférable d'utiliser une ancienne version de Debian comme Debian Stretch pour les versions 3.6 et 4.0

# echo "deb http://repo.mongodb.org/apt/debian buster/mongodb-org/4.2 main" >> /etc/apt/sources.list.d/mongodb-org-4.2.list
# wget https://www.mongodb.org/static/pgp/server-4.2.asc -O /etc/apt/trusted.gpg.d/mongo-org-4.2.asc
# apt update && apt install mongodb-org

Tous les détails sont disponibles sur https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/install-mongodb-on-debian/.

Debian Stretch

Dans Debian Stretch, MongoDB 3.2 est distribué dans les dépôts Debian. Il est aussi possible d'installer MongoDB 3.6+ à partir des des dépôts officiels du logiciel

Important: Bien que les noms de paquets soient différents, les deux versions ne peuvent pas cohabiter ensemble sur un même système !

Version Debian (3.2)

# apt install mongodb

Version mongodb.org (3.6, 4.0 ou 4.2)

Les dépôts mongodb.org proposent les versions 3.6, 4.0 et 4.2 pour Debian Strech.

Exemple ici pour MongoDB 3.6

# echo "deb http://repo.mongodb.org/apt/debian stretch/mongodb-org/3.6 main" >> /etc/apt/sources.list.d/mongodb-org-3.6.list
# wget https://www.mongodb.org/static/pgp/server-3.6.asc -O /etc/apt/trusted.gpg.d/mongo-org-3.6.asc
# apt update && apt install mongodb-org

Tous les détails sont disponibles sur https://docs.mongodb.com/v3.6/tutorial/install-mongodb-on-debian/.

Logrotate

Paquets mongodb.org 3.6+

Les paquets fournis par mongodb.org n'ont pas de logrotate ! On peut simplement ajouter cette configuration dans /etc/logrotate.d/mongod

/var/log/mongodb/mongod.log {
    daily
    missingok
    rotate 365
    dateext
    compress
    delaycompress
    notifempty
    sharedscripts
    postrotate
        kill -USR1 $(cat /var/lib/mongodb/mongod.lock)
    endscript
}

Il faut aussi penser à modifier la configuration (/etc/mongod.conf) pour forcer le mode reopen de la directive logRotate :

systemLog:
  destination: file
  logRotate: reopen
  logAppend: true
  path: /var/log/mongodb/mongod.log

Il y a tout un chapitre (pas toujours très clair) sur la maière de gérer la rotation de logs : https://docs.mongodb.com/manual/reference/command/logRotate/.

Note : Attention, par défaut mongodb log les requêtes lentes de plus de 100ms. Ça peut générer beaucoup de logs… On pourra les modifier avec slowOpThresholdMs.

Configuration

3.4

La configuration de MongoDB se trouve dans le fichier /etc/mongod.conf et le format a changé.

Authentification

2.4

https://docs.mongodb.com/v2.4/core/security-introduction/

MongoDB a deux modes de fonctionnement pour l'authentification :

Un mode sans aucune authentification
Un mode avec authentification

Info : activer l'authentification génère des logs à chaque requête d'authentification qu'il n'est pas possible de désactiver avant la version 2.8 : voir https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-5952

Mode sans aucune authentification

La configuration sans authentification se fait ainsi :

noauth = true

Dans ce mode, il n'y a besoin d'aucun login / mot de passe pour accéder à l'ensemble des dbs, données, etc. Ce mode est donc assez dangereux : il faut s'assurer que seuls des programmes de confiance accèdent au port TCP de MongoDB.

Mode avec authentification

ATTENTION, ce mode doit être correctement configuré (ce qui n'est pas le cas par défaut).

La configuration doit donc être ainsi :

auth = true

Mais surtout, il faut créer (au moins) un utilisateur "admin" :

$ mongo
> use admin
> db.addUser("mongoadmin", "PASS")
{
        "user" : "mongoadmin",
        "readOnly" : false,
        "pwd" : "3882eaa67064707a7a6ae872504f310d"
}
> db.system.users.find()
{ "_id" : ObjectId("4e8e132c76a7c48c75393b81"), "user" : "mongoadmin", "readOnly" : false, "pwd" : "3882eaa67064707a7a6ae872504f310d" }

C'est seulement une fois ce premier utilisateur "admin" créé que l'authentication est activée !! Si il n'est pas créé, l'authentification reste inactive...

On peut ensuite se connecter à la base "admin" ainsi :

$ mongo admin -u mongoadmin -p PASS

Pour les accès aux base, les utilisateurs sont stockés dans la collection system.users propre à chaque base. Ainsi pour créer un utilisateur pour une base données :

> use mydb
> db.addUser("foo","PASS");

Les utilisateurs (admin ou associés à une base de données) peuvent n'avoir qu'un accès read-only si ils sont créés ainsi :

> db.addUser("foo","PASS",true);

Enfin, pour supprimer un utilisateur :

> use mydb
> db.removeUser("foo");

3.4

https://docs.mongodb.com/manual/security/

Utilisation

En ligne de commande :

$ mongo
MongoDB shell version: 1.4.4
url: test
connecting to: test
type "help" for help

Voici les opérations de base :

> show dbs
admin
local
test
> use foo                                           
switched to db foo
> show collections
> db.bar.find()
> db.bar.save( { a : 1 } )
> db.bar.save( { a : 2 } )
> show collections
bar
system.indexes
> db.bar.find()
{ "_id" : ObjectId("4e64dbf619a27977131978ad"), "a" : 1 }
{ "_id" : ObjectId("4e64dbf919a27977131978ae"), "a" : 2 }
> db.foo.find({a:1})
{ "_id" : ObjectId("4e0674a47888d8941034f4e1"), "a" : 1 }
> db.foo.find().limit(1)
{ "_id" : ObjectId("4e0674a47888d8941034f4e1"), "a" : 1 }
> exit
bye

Quelques commandes utiles :

Voir le compteur des connexions :

db.serverStatus().connections

Modifier un champ d'un objet existant :

> db.bar.save( { a : 4, b : 0 } )
> db.bar.update( { "_id" : ObjectId("4e64de8a19a27977131978b0") } , { $set : {b:1} } )
> db.bar.update( { "_id" : ObjectId("4e64de8a19a27977131978b0") } , { $unset : {b:1} } )

Voir uniquement certains champs :

> db.bar.find({a:1},{flip:1})
> db.bar.find({a:1},{flip:1,flap:1})

Voir plus d'objets (en évitant le has more) :

> DBQuery.shellBatchSize = 100
> db.foo.find()

Requête sur des dates :

db.foo.find( { "date": {"$gte": ISODate("2011-12-05T00:21:00Z")} } )
db.foo.find( { "date": {"$lt": ISODate("2011-12-05T04:00:00Z")} } )
db.foo.find( { "date": {"$gte": ISODate("2011-12-05T00:21:00Z"), "$lt": ISODate("2011-12-05T04:00:00Z")} } )

En PHP :

$m = new Mongo();
$db = $m->foo;
$bar = $db->bar;
$bar->insert(array("a"=>"1","a"=>"2"));
$res = $bar->find();
foreach ($res as $obj) {
    echo $obj["a"] . "\n";
}

Sauvegarde

2.4

https://docs.mongodb.com/v2.4/core/backups/

# mkdir /home/backup/mongodump
# cd /home/backup/mongodump
# mongodump

3.4

Il exise plus de possibilités de sauvegarde dans les versions récentes : https://docs.mongodb.com/manual/core/backups/

Restauration

cd /home/backup/mongodump/
# mongorestore --db dbname dbname
mongorestore --db admin admin

Réplication avec replica set

La réplication avec "replica set" nécessite au moins 3 machines : en effet, il va y avoir une élection du master vers lequel seront faites toutes les écritures.

En Version 3.2+

Si vos mongod ne sont pas sur un LAN il est recommandé de mettre en place du TLS avec https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/configure-x509-member-authentication/. Sinon on pourra utiliser un keyfile https://docs.mongodb.com/manual/tutorial/deploy-replica-set-with-keyfile-access-control/

/!\ Le datadir doit être vierge.

Avec keyfile

Créer le keyfile sur une machine et déployer sur les autres le même fichier.

# openssl rand -base64 755 > /etc/mongod.key
# chmod 400 /etc/mongod.key
# chown mongodb: /etc/mongod.key

Modifier la configuration :

security:
  keyFile: /etc/mongod.key
replication:
  replSetName: rs0

Redémarrer les mongod.

# systemctl restart mongod

Se connecter et initialiser le RS.

# mongo
> rs.initiate(
  {
    _id : "rs0",
    members: [
      { _id : 0, host : "mongo1.example.net:27017" },
      { _id : 1, host : "mongo2.example.net:27017" },
      { _id : 2, host : "mongo3.example.net:27017" }
    ]
  }
)

Se connecter au master (voir avec rs.Status()) et créer un utilisateur admin et clusterAdmin.

# mongo
> use admin
use admin
db.createUser(
  {
    user: "myUserAdmin",
    pwd: "abc123",
    roles: [ { role: "userAdminAnyDatabase", db: "admin" } ]
  }
)
db.createUser(
  {
    "user" : "clusteradmin",
    "pwd" : "abc123",
    roles: [ { "role" : "clusterAdmin", "db" : "admin" } ]
  }
)

Le Replica Set est maintenant en place.

Avec X.509

TODO

En version 1.8

Soit trois machines de test avec MongoDB 1.8.2 : mongo1 (PRIMARY), mongo2 (SECONDARY), mongo3 (SECONDARY)

Activer le paramètre suivant dans /etc/mongodb.conf :

# in replica set configuration, specify the name of the replica set
replSet = foo
# Enable journaling (recommended for replica set)
journal = true

À ce stade, on ne peut rien écrire sur les serveurs :

> db.test.insert({"coin": "coin"})
not master
> rs.status()
{
        "startupStatus" : 3,
        "info" : "run rs.initiate(...) if not yet done for the set",
        "errmsg" : "can't get local.system.replset config from self or any seed (EMPTYCONFIG)",
        "ok" : 0
}

Réinitialiser les bases sur chaque machine (attention, opération destructrice !) :

/etc/init.d/mongodb stop && mv /var/lib/mongodb/* /tmp && /etc/init.d/mongodb start

Sur mongo1 (PRIMARY)

Il faut ensuite s'assurer que :

les machines communiquent bien au niveau réseau en TCP/27017
que les machines n'ont pas de NAT (ou alors il faudra utiliser des DNS)

Puis on initialise la réplication via le mongo shell :

> config = {_id: 'foo' , members: [ {_id: 0, host: '1.2.3.4:27017'},{_id: 1, host: '1.2.3.5:27017'},{_id: 2, host: '1.2.3.6:27017'}]}
> rs.initiate(config);
          {
        "info" : "Config now saved locally.  Should come online in about a minute.",
        "ok" : 1
}                                                
> rs.help()

On peut aussi le faire étape par étape

> rs.initiate()
{
   "info2" : "no configuration explicitly specified -- making one",
   "info" : "Config now saved locally.  Should come online in about a minute.",
   "ok" : 1
}

Ajout des 2 SECONDARY :

setname:PRIMARY> rs.add("mongo2")
{ "ok" : 1 }

setname:PRIMARY> rs.add("mongo3")
{ "ok" : 1 }

Consultation de l'état de la réplication sur le master :

setname:PRIMARY> rs.status()
{
   "set" : "setname",
   "date" : ISODate("2011-08-09T15:42:54Z"),
   "myState" : 1,
   "members" : [
      {
         "_id" : 0,
         "name" : "mongo1",
         "health" : 1,
         "state" : 1,
         "stateStr" : "PRIMARY",
         "optime" : {
            "t" : 1312904495000,
            "i" : 1
         },
         "optimeDate" : ISODate("2011-08-09T15:41:35Z"),
         "self" : true
      },
      {
         "_id" : 1,
         "name" : "mongo2",
         "health" : 1,
         "state" : 2,
         "stateStr" : "SECONDARY",
         "uptime" : 76,
         "optime" : {
            "t" : 1312904495000,
            "i" : 1
         },
         "optimeDate" : ISODate("2011-08-09T15:41:35Z"),
         "lastHeartbeat" : ISODate("2011-08-09T15:42:54Z")
      },
      {
         "_id" : 2,
         "name" : "mongo3",
         "health" : 1,
         "state" : 2,
         "stateStr" : "SECONDARY",
         "uptime" : 70,
         "optime" : {
            "t" : 1312904495000,
            "i" : 1
         },
         "optimeDate" : ISODate("2011-08-09T15:41:35Z"),
         "lastHeartbeat" : ISODate("2011-08-09T15:42:54Z")
      }
   ],
   "ok" : 1
}

Sur un slave :

SECONDARY> db.printReplicationInfo()
this is a slave, printing slave replication info.
source:   92.243.5.219:27017
         syncedTo: Sun Jan 29 2012 22:34:07 GMT+0100 (CET)
                 = 5744 secs ago (1.6hrs)
source:   stampzz-prod01.evolix.net:27017
         syncedTo: Mon Jan 30 2012 00:09:47 GMT+0100 (CET)
                 = 4 secs ago (0hrs)
SECONDARY> use local
switched to db local
SECONDARY> db.oplog.rs.stats()
{
        "ns" : "local.oplog.rs",
        "count" : 9616448,
        "size" : 1166277368,
        "avgObjSize" : 121.27943373686418,
        "storageSize" : 1320140800,
        "numExtents" : 1,
        "nindexes" : 0,
        "lastExtentSize" : 1320140800,
        "paddingFactor" : 1,
        "flags" : 0,
        "totalIndexSize" : 0,
        "indexSizes" : {

        },
        "capped" : 1,
        "max" : 2147483647,
        "ok" : 1
}

Création d'un enregistrement de test :

setname:PRIMARY> db.foo.save({a:1})
setname:PRIMARY>

Sur mongo2 ou mongo3 (SECONDARY)

Autorise le SECONDARY à traiter des requêtes :

setname:SECONDARY> rs.slaveOk()

Vérification de la présence de l'enregistrement de test :

setname:SECONDARY> db.foo.find()
{ "_id" : ObjectId("4e41558da08ccc36090745be"), "a" : 1 }

Sortir un mongo de la réplication

Voici les étapes pour sortir un mongo de la réplication :

Sauvegarder (mongodump)
Stopper MongoDB
Sauvegarder les datas
Supprimer les fichiers local.*
Désactiver les replica dans la configuration
Relancer MongoDB

Resynchroniser un mongo slave

En cas de soucis, il peut être nécessaire de resynchroniser complètement un serveur MongoDB par rapport à un master. Il suffit de supprimer complètement le dbpath :

# /etc/init.d/monogdb stop
# mv /var/lib/mongodb /var/lib/mongodb.old
# mkdir /var/lib/mongodb
# chown mongodb:mongodb /var/lib/mongodb
# chmod 750 /var/lib/mongodb
# /etc/init.d/monogdb start

Le serveur slave repassera en RECOVERING puis en SECONDARY :

RECOVERING> db.printReplicationInfo()
this is a slave, printing slave replication info.
source:   master.example.com:27017
         syncedTo: Thu Jan 01 1970 01:00:00 GMT+0100 (CET)
                 = 1327878874 secs ago (368855.24hrs)
source:   otherslave.example.com:27017
         syncedTo: Mon Jan 30 2012 00:14:09 GMT+0100 (CET)
                 = 25 secs ago (0.01hrs)
SECONDARY> db.printReplicationInfo()
configured oplog size:   1025.1384765625MB
log length start to end: 741secs (0.21hrs)
oplog first event time:  Mon Jan 30 2012 00:14:09 GMT+0100 (CET)
oplog last event time:   Mon Jan 30 2012 00:26:30 GMT+0100 (CET)
now:                     Mon Jan 30 2012 00:27:26 GMT+0100 (CET)

Erreurs de synchronisation

En cas d'erreur du type :

    "optimeDate" : ISODate("2012-01-29T21:34:07Z"),
    "lastHeartbeat" : ISODate("2012-01-29T23:02:43Z"),
    "pingMs" : 11,
    "errmsg" : "syncTail: 0 assertion db/pdfile.cpp:1881, syncing: { ts: Timestamp 1327872847000|109, h: -1582883220170752094, op: \"i\", ns: \"DB_MONGODB.tmp.mr.COLL_MONGODB_396779\", o: { _id: \"#colorsplash\", value: 1.0 } }"

Côté slave, on a plus de détails :

[rsSync] replHandshake res not: 1 res: { ok: 1.0 }
[rsSync]  local.oplog.rs Assertion failure !loc.isNull() db/pdfile.cpp 1881
0x57eeb6 0x589d6b 0x8a2746 0x82f486 0x821d8d 0x8231d8 0x82439a 0x824820 0xaa4560 0x7f1a33ef08ba 0x7f1a334ac02d
 /usr/bin/mongod(_ZN5mongo12sayDbContextEPKc+0x96) [0x57eeb6]
 /usr/bin/mongod(_ZN5mongo8assertedEPKcS1_j+0xfb) [0x589d6b]
 /usr/bin/mongod() [0x8a2746]
 /usr/bin/mongod(_ZN5mongo11_logOpObjRSERKNS_7BSONObjE+0x236) [0x82f486]
 /usr/bin/mongod(_ZN5mongo11ReplSetImpl8syncTailEv+0xced) [0x821d8d]
 /usr/bin/mongod(_ZN5mongo11ReplSetImpl11_syncThreadEv+0xc8) [0x8231d8]
 /usr/bin/mongod(_ZN5mongo11ReplSetImpl10syncThreadEv+0x4a) [0x82439a]
 /usr/bin/mongod(_ZN5mongo15startSyncThreadEv+0xa0) [0x824820]
 /usr/bin/mongod(thread_proxy+0x80) [0xaa4560]
 /lib/libpthread.so.0(+0x68ba) [0x7f1a33ef08ba]
 /lib/libc.so.6(clone+0x6d) [0x7f1a334ac02d]
[rsSync] replSet syncTail: 0 assertion db/pdfile.cpp:1881, syncing: { ts: Timestamp 1327872847000|109, h: -1582883220170752094, op: "i", ns: "DB_MONGODB.tmp.mr.COLL_MONGODB_396779", o: { _id: "#colorsplash", value: 1.0 } }

Cela semble être une corruption de la base côté slave... L'une des solutions consiste à resynchroniser complètement la base (voir plus haut).

Forcer à changer de master

> rs.stepDown()

/!\ à ne faire que si les slaves sont synchros sous peine d'avoir un état rollback & ennuis...

Etat ROLLBACK

Master devient indispo alors que les slaves n'était pas 100% synchro

http://www.mongodb.org/display/DOCS/Replica+Sets+-+Rollbacks http://dba.stackexchange.com/questions/18020/mongodb-replica-set-secondary-stuck-in-rollback-state http://comerford.cc/2012/05/28/simulating-rollback-on-mongodb/ http://comments.gmane.org/gmane.comp.db.mongodb.user/78137

ROLLBACK -> RECOVERY -> SECONDARY.. ou #FAIL avec Error RS102

http://www.mongodb.org/display/DOCS/Resyncing+a+Very+Stale+Replica+Set+Member

replicaset lag

http://docs.mongodb.org/manual/administration/replica-sets/#replica-set-replication-lag http://metabroadcast.com/blog/mongodb-replication-lag-and-the-road-to-recovery

Réparer la base de données en cas de crash

Plusieurs méthodes selon cas.

Si la journalisation est activé, ce qui est le cas par défaut pour les version >1.9.2 et en 64 bits. MongoDB devrait automatiquement se servir des fichiers journaux, regardez si tout se passe bien dans les logs. Si malheureusement ce message apparaît :

old lock file: mongod.lock.  probably means unclean shutdown,
but there are no journal files to recover.

Il faut vérifier que le système de fichier est OK !

Si la journalisation n'est pas activé.

Supprimez le verrou et démarrer mongodb avec l'option pour lancer une réparation.

rm /var/lib/mongodb/mongod.lock
mongod --dbpath /var/lib/mongodb/ --repairpath /tmp --repair

Vérifiez les droits du dbpath !

chown -R mongodb:mongodb /var/lib/mongodb

Démarrez mongodb, lancez un mongo shell et lancer une réparation de toutes les base de données.

db.repairDatabase();

Mise à jour

1.8 vers 2.0

Voici la procédure pour passer en Mongo 2.0 (version sortie en sept/oct 2011) :

# aptitude update
# aptitude install mongodb-10gen

La version 2.0 active désormais par défaut la journalisation. Vous pouvez donc remplacer dans votre configuration :

journal = true

par :

# Disables write-ahead journaling
# nojournal = true

Il faut également mettre-à-jour ses indexes ! On le fera via le mongo shell :

> use foo
> db.bar.getIndexes()
[
        {
                "key" : {
                        "_id" : 1
                },
                "ns" : "foo.bar",
                "name" : "_id_",
                "v" : 0
        }
]

Le * "v" : 0 * signifie que l'index n'est pas à jour.

> db.runCommand({compact : 'bar'})
{ "ok" : 1 }
> db.bar.getIndexes()
[
        {
                "v" : 1,
                "key" : {
                        "_id" : 1
                },
                "ns" : "foo.bar",
                "name" : "_id_"
        }
]

Répéter l'opération pour toutes les collections ayant des indexes !

CAPPED

http://www.mongodb.org/display/DOCS/Capped+Collections

Monitoring avec MMS

MMS (MongoDB Monitoring Service) est une service fourni gratuitement par 10gen. Déprécié, maintenant c'est payant et ça s'apelle MongoDB Cloud Manager

Installation

Créer un compte sur mms.10gen.com, créer un groupe et télécharger l'archive (qui contient déjà la clé API du groupe).

La décompresser dans un dossier (et donner les droits mongodb).

cd /opt
tar zxvf 10gen*.tar.gz
chown -R mongodb:mongodb mms-agent

Installer python-bson et python-pymongo (via backports).

/etc/apt/preferences:

Package: python-pymongo
Pin: release a=squeeze-backports
Pin-Priority: 999

Le lancer via le compte mongodb:

sudo -u mongodb nohup python /opt/mms-agent/agent.py > /var/log/mongodb/agent.log 2>&1 &

Monitoring avec Munin

Créer un accès

use admin
db.createUser(
    {
      user: "monitoring",
      pwd: "XXX",
      roles: [ "clusterMonitor" ]
    }
)

Plugin mongo-munin

https://github.com/comerford/mongo-munin

# git clone <https://github.com/comerford/mongo-munin.git> /tmp/mongo-munin
# mkdir -p /usr/local/share/munin/plugins
# cp /tmp/mongo-munin/mongo_* /usr/local/share/munin/plugins
# cd /etc/munin/plugins/
# ln -s /usr/local/share/munin/plugins/mongo_*
# chmod -R u=rwX,g=rwX,o=rX /usr/local/share/munin/

/etc/munin/plugin-conf.d/mongo

[mongo_*]
env.MONGO_DB_URI mongodb://monitoring:XXX@localhost:27017/admin

21 KiB Raw Blame History

Installation

Debian Buster

Debian Stretch

Version Debian (3.2)

Version mongodb.org (3.6, 4.0 ou 4.2)

Logrotate

Paquets mongodb.org 3.6+

Configuration

3.4

Authentification

2.4

Mode sans aucune authentification

Mode avec authentification

3.4

Utilisation

Sauvegarde

2.4

3.4

Restauration

Réplication avec replica set

En Version 3.2+

Avec keyfile

Avec X.509

En version 1.8

Sur mongo1 (PRIMARY)

Sur mongo2 ou mongo3 (SECONDARY)

Sortir un mongo de la réplication

Resynchroniser un mongo slave

Erreurs de synchronisation

Forcer à changer de master

Etat ROLLBACK

replicaset lag

Réparer la base de données en cas de crash

Mise à jour

1.8 vers 2.0

CAPPED

Monitoring avec MMS

Installation

Monitoring avec Munin

Créer un accès

Plugin mongo-munin

21 KiB

Raw Blame History